Istnienie tzw. „zbioru zastrzeżonego” zostało zapisane w ustawie o Instytucie Pamięci Narodowej z 1998 r. Zgodnie z przepisami szefowie instytucji przekazujących swoje archiwa do IPN (przede wszystkim Urzędu Ochrony Państwa, WSI, Policji, Straży Granicznej) mieli prawo zastrzec, że część tych materiałów pozostanie tajna „ze względu na bezpieczeństwo państwa”. Dokumenty te stanowiły wyodrębniony zespół w archiwum IPN i nikt z pracowników Instytutu nie miał do nich dostępu. Utajniony był nawet sam spis dokumentów znajdujących się w zbiorze, co potęgowało atmosferę sensacji i skłaniało publicystów i polityków do snucia domysłów.
Zbiór zastrzeżony, początkowo liczący przeszło kilometr akt (łączna grubość teczek ustawionych pionowo obok siebie), sukcesywnie zmniejszał się na przestrzeni lat 2002-2016. Podczas kolejnych przeglądów, szefowie służb decydowali o odtajnieniu coraz to nowych materiałów – wiosną 2016 zbiór liczył już mniej niż połowę dawnej objętości.
